百山祖环境清幽，山水神秀，自然风光绝美。“云海日出”是著名景观之一，因山高雾多，云海成为百山祖的一大景观。夏日初秋，云海时如蛟龙翻滚，时如烈马狂奔，风平浪静之时，犹如姑娘害羞的脸上蒙着一层薄薄淡淡的面纱，茫茫云海，蔚为壮观，人在云上走，形似神仙游。一轮红日初升，像一团火球，与云海辉映交融，人们禁不住为大自然的神奇造化而倾倒。此情此景可与泰山的日出相媲美，与黄山的云海比高低。著名摄影家吴品禾先生获国际金奖的摄影作品“云龙出海”就摄于此。

百山祖出名，还在于百山祖冷杉。百山祖冷杉是第四世纪冰川时期的孑遗植物，素有“活化石”之称。因全球气候变暖，原先在地球上分布较广的百山祖冷杉只有向高海拔退缩，现生长在百山祖南坡的三株百山祖冷杉已是全球绝无仅有，故被国际物种保护委员会列为物种保护的全球十二种最濒危的植物之一。